פרויקט “תכנית לאומית לתעשייה הכימית בישראל”, הוא פרויקט רחב היקף שמוסד שמואל נאמן מוביל כבר משנת 2004. הפרויקט מנתח את ענפי הכימיה והפרמצבטיקה שמיוצרים בישראל, בהווה ובעתיד, מציג אלטרנטיבות, וענפים חדשים בתחום, מעלה השוואות עם שווקים גלובליים ומציע כלי מדיניות למקבלי ההחלטות בממשלה ליישום. שותפים בו, מלבד מוסד שמואל נאמן, הממשלה – משרד האוצר, והתאחדות התעשיינים.
עבודת הוועדה בדו”ח מתייחסת לארבע נושאים עיקריים:
א. שיפור החינוך וההוראה של מדעי הכימיה בכל הגילאים ושדרוג ההשקעות.
ב. מתן פתרון יסודי של איכות הסביבה והתשתיות התעשייתיות.
ג. הפיכת התעשייה הכימית לשותף פעיל בקליטת הטכנולוגיות החדשות שצוינו בתמיכת מערכי הממשל בהובלת המדען הראשי.
ד. מימוש כל הנושאים הר”מ במסגרת של מדיניות לאומית. הפרויקט הסתיים בקיץ 2007 ודו”ח התקצירים הנ”ל נמסר לכל גורמי ממשלת ישראל ולכל הגורמים העיקריים בענפי הכימיה והפרמצבטיקה.