דו”ח אקדמי שפרסם מוסד שמואל נאמן עוסק בפעילות מנהלות שיקום הנחלים ומצביע על שיפור בהתייחסות לנחלים לאורך השנים, אך גם על חוסר עקביות ושורה ארוכה של חסמים.
דו”ח מקיף על הערכת פעילות המינהלות לשיקום נחלים בישראל פורסם לאחרונה מטעם מוסד שמואל נאמן למחקר מדיניות לאומית. הדו”ח, שאת הכנתו הובילה פרופ’ אופירה אילון, יחד עם ד”ר תמר טרופ, ד”ר ציםי עשת ונעמה שפירא בוחן את ההישגים והאתגרים של מינהלות שיקום הנחלים מראשית הקמתן בשנת 1993 ועד היום, בהיבטים של רגולציה, ניהול, ביצוע, כלכלה ותחזוקה.
לפי הדו”ח לאורך השנים חל אמנם שינוי חיובי בישראל בכל הנוגע לניהול נחלים, עם דגש על מעבר לניהול אזורי, באמצעות מינהלות שיקום נחלים שהתמקדו בניהול מי נגר, ניקוז וסחף תוך התחשבות בתפקידים הסביבתיים והניקוזיים של הנחלים. עם זאת, פיצול הסמכויות, תקציב לא קבוע, הבדלים בסדרי עדיפויות בין הגורמים שונים, ומערכת חוקית מורכבת – מקשים על הליכי התכנון והביצוע של שיקום הנחלים בישראל, כך שלמרות שהושקעו מיליארדי ₪ והושג שיפור, אין אפילו נחל אחד משוקם בישראל לכל אורכו.