מחקרים: הטיפול בפסולת
פרסומי מוסד שמואל נאמן בוחנים את הפוטנציאל להפחתת הפסולת במקור, לצמצום הטמנת פסולת ולפיתוח תהליכים אשר הופכים את המטרד למשאב, הן במגזר הביתי והן בסקטור התעשייה והחקלאות, ואת אמצעי המדיניות והכלים המעשיים שיש לגבש ברמה הלאומית וברמת השלטון המקומי והיזמות הטכנולוגית לקידום הנושא.
מחקרים: תחבורה
פרסומי מוסד שמואל נאמן בתחום בוחנים, בין היתר, את ההשפעות הסביבתיות של אמצעי התחבורה השונים ואת הפוטנציאל, היתרונות והחסמים לשילוב תחליפי נפט במגזר התחבורה, ובתוכם, תחבורה חשמלית, תחליפים מבוססי פסולת וביו- אתנול, וכן את התועלות המשקיות מפרויקטים בתחבורה הציבורית, ממנהור כבישים ועוד.
מחקרים: סדרי עדיפות לאומית בנושאי איכות סביבה
אחד מתפקידיו של מוסד שמואל נאמן הוא לגשר בין האקדמיה, התעשייה ומקבלי ההחלטות וזאת באמצעות הנגשת מידע ישים, עדכני וידע מבוסס מחקר, לרשות מוסדות המדינה. מסמכי סדרי העדיפות הלאומית שגובשו במוסד שמואל נאמן עוסקים במגוון נושאים שחשוב להעלותם לסדר היום הציבורי.
שיקום ים המלח: בחינת חלופות אפשריות לפתרון סוגיית שינויי המפלס
ים המלח, הים הנמוך ביותר בעולם והאגם המלוח ביותר בעולם, נתון כיום במצב של פגיעה סביבתית חמורה. שאיבות המים מהירדן, הכינרת והירמוך לישראל, ירדן וסוריה, וכן שאיבת מי ים המלח למפעלי התעשיות של ים המלח בישראל ובירדן, מצמצמות בהתמדה את אספקת המים לימה. למעשה, "נגמרו" הזרימות הטבעיות לימה. ברירת המחדל, דהיינו לא לעשות דבר ולהמשיך במסלול "עסקים כרגיל", הינה החלופה היקרה ביותר- מבחינה כלכלית וסביבתית. הנזקים הסביבתיים, נזקים לתיירות ולכבישים מוערכים ב-90 מיליון דולר לשנה.